■CGを始めた当初（１年ほど）は、フォトショップとマウスで色を塗っていました。
ここでは、当時の制作課程を一部紹介します。（現在はペインタとタブレット作業です）
■PowerMacintoshG4 350Mhz メモリ1GB
■フォトショップ5.5(イラストレーターを併用)

■下絵は、Ｂ４サイズほどのエスキース帳に描いています。薄くてトレスがしやすいのと、リングノートのようになっているので、書き損じてもゴミにならないからです。

■1で描いた下絵を本描きします。
■0.3ミリのシャーペンを仕様。当時は、ライトボックスもトレス台もなかったので、本描きも薄い紙を使い透かしていました。

■600dpi、モノクロで取り込んでいます。現在はほとんどの絵を後々印刷媒体にするので、600dpiでスキャン後350dpiにしています。（絶対に印刷媒体にしない、web限定のイラストの場合７２〜１５０ほどの解像度で充分だと思います。）

■「イメージ」→「色調補正」→「明るさ・コントラスト」の▲を適当に右にずらして、白黒ハッキリさせます。 最近は、レベル補正でやることも多いです。(レベル補正については、もっと詳しく、素晴らしいほかのCGサイトさんを参照してください)
■説明はとても出来ませんが、トーンカーブを使うとさらに細かく線を補正できるようです。色々組み合わせてやってみるといいと思います。

■初期の頃は色を塗るレイヤーを線画の上のせて乗算でやっていました。
■最近は、「チャンネルウィンドウ」→「チャンネルを選択範囲で読み込む」→「選択範囲の反転」→「RGB」→「新規レイヤー」→「塗りつぶし」で、線だけのレイヤーをつくり、下に色を置いています。

■パーツごとにレイヤー分けをしていきます。
■塗りつぶしツールと、細かいところはブラシツールを使って選択範囲を作っていきます。
■レイヤーウィンドウの「透明部分の保護」をチェックしてけば、色がはみだしません。
■分けるレイヤーはだいたい、「肌・髪の毛・うで・あし・羽根(笑)・体・目・その他装飾品」くらいです。 10枚以内を希望。
■一番めんどくさい髪の毛を塗りつぶすのを一番最後に回して、ほかの塗りつぶしてあるレイヤーをコマンドキーを押しながらクリックすると、塗りつぶしてあるところの選択範囲を自動で拾ってくれます。
続けて、コマンド+シフトを押しながら、ほかのレイヤーを全部クリックして、選択範囲を反転せると、髪の毛と肌とかが隣り合った場合など塗りつぶしが大変楽になります。